合伙企业“税收透明体”的概念多见于税收协定相关规定。如《关于〈中华人民共和国政府和法兰西共和国政府对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定〉及议定书生效执行公告的解读》中提到，将合伙企业视为纳税虚体（即在合伙企业层面不征税）时，缔约国一方居民可以就该项所得在缔约国另一方享受协定待遇；当缔约国一方将合伙企业视为纳税实体（即在合伙企业层面征税）时，合伙企业可以就该项所得在缔约国另一方享受协定待遇。
合伙企业通常有三种纳税模式：一是非实体纳税模式，二是纳税实体，三是准实体纳税模式。
本文认为总分机构汇总纳税下的分公司属于非实体纳税模式，而合伙企业国内纳税时一般采用的是第三种准实体纳税模式。
准实体纳税模式首先将合伙企业视为税收透明体（纳税虚体），不在合伙企业层面征收所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
其次，合伙企业层面收入性质、成本费用、扣除、抵免不直接“穿透”合并给合伙人。执行独立企业原则，将合伙企业作为一个独立的纳税实体对待，按独立企业进行盈亏计算，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用、税金、损失、其他支出以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
总分机构汇总纳税下，总分机构之间、分支机构之间的活动，属于内部业务活动，均不计入收入和作为费用扣除，也无须考虑独立交易或公平交易原则。
不论合伙企业是和同一合伙人投资的其他合伙企业之间的营业往来，还是同合伙人之间的营业往来，或者和合伙企业自身投资的其他合伙企业或公司之间的营业往来，都应按公平交易原则，以公平市场价格为依据计算归属于该合伙企业的利润。不能因为合伙企业所得由合伙人纳税，而产生交易双方不需要分别确认收入或不按市场价格确认收入的错觉。
与个人直接投资、通过合伙企业间接投资相比，单一投资基金核算（个人合伙人）较为特殊：个人直接投资的转让所得只能扣除原值和合理费用，转让所得按次纳税；个人通过合伙企业间接投资，转让所得按经营所得纳税，不光可以扣除原值和合理费用，还可以扣除合伙企业层面的各项成本、费用、损失、税金等支出，如管理人的管理费和业绩报酬，以及以前年度亏损，以及个人的投资减除费用、专项扣除、专项附加扣除。
单一投资基金核算实质采用的是非实体纳税模式兼具准实体纳税模式，即将股权转让所得由个人按“财产转让所得”直接纳税，但允许按一个纳税年度内不同投资项目的所得和损失相互抵减，年度股权转让所得亏损不能跨年结转弥补。发生的包括管理人的管理费和业绩报酬在内的其他支出，不得扣除。不能扣除个人的投资减除费用、专项扣除、专项附加扣除。
2006 年修订的《合伙企业法》规定，合伙企业的合伙人包括自然人、法人和其他组织，“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税”。
虽然在相关分类中个独合伙企业属于企业，不属于法人，但属于其他组织，但并不属于《合伙企业法》规定的其他组织，本文认为，《合伙企业法》规定中的合伙人实际并不包括合伙企业作为合伙人的情况。
《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159 号，以下简称159号文）规定：“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税”，159 号文明确法人和其他组织是缴纳企业所得税的纳税主体。
因此《合伙企业法》、159 号文规定的合伙人仅包括缴纳个人所得税的个人合伙人和缴纳企业所得税的法人和其他组织，不包括合伙企业合伙人。
159 号文以及现有的合伙企业、创投税收规定，都是基于以个人、法人和其他组织作为合伙人的单层合伙企业形式，均未考虑合伙企业作为另一合伙企业的合伙人的多层合伙企业形式税收处理问题。
159 号文规定合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。合伙企业作为合伙人并不因此缴纳企业所得税。
已全文废止的《国家税务总局关于印发〈个体工商户个人所得税计税办法（试行）〉的通知》（国税发〔1997〕 43 号），以及《财政部 国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》（财税〔2000〕91 号，以下简称91 号文）规定中的“收入总额”与《企业所得税法》及其实施条例相比，利息收入仅指存款利息收入和资金借贷利息收入，财产转让收入仅指生产经营有关的资产的转让收入，均不包括股权、股票、债券等对外投资产生的财产转让收入，不包括对外投资产生的利息、股息、红利等投资收益，也不包括特许权使用费收入。
《个体工商户会计制度( 试行)》（财会〔1997〕19号）规定, 业主通过购买股票债券、与他人合资办企业等方式进行对外投资，应作为业主借出生产经营资金处理，在本科目核算。对外投资取得的收益，作为业主个人收入处理，不记入个体户账内。
《财政部 国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字〔1994〕20 号，以下简称20 号文）和《 国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84 号，以下简称84 号函）明确,个体户、个独合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为业主或投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》（国税发〔2011〕50 号，以下简称50号文）明确，对个人独资企业和合伙企业从事股权( 票)、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。
20 号文和84 号函是对“利息、股息、红利所得”不并入收入总额的再次明确，50 号文是将不属于经营所得的投资转让所得明确需要并入“收入总额”。
因此，50 号文发布后，《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35 号）和91 号文规定中的“收入总额”包括了股权、股票、债券等对外投资在内所有的财产转让收入。
根据个独合伙企业、创业投资、单一投资基金核算等相关的税收文件规定，个人合伙人持有合伙企业份额，从合伙企业分配的应纳税所得额需划分为“经营所得”和“利息、股息、红利所得”，单一投资基金核算模式下，需划分为“股权转让所得”和“利息、股息、红利所得”，“经营所得”的亏损不可以用“利息、股息、红利所得”抵减或弥补，单个合伙企业的亏损只能以自身的“经营所得”弥补，不能跨企业弥补。
159 号文明确合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照91 号文及《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税〔2008〕65 号，以下简称65 号文）的有关规定执行。
依据159 号文规定以及91 号文应纳税所得额计算的规定，法人合伙人从合伙企业分配的应纳税所得额似乎需要和个人合伙人一样，区分为“经营所得”和“利息、股息、红利所得”，并且“经营所得”的亏损不可以用“利息、股息、红利所得”抵减或弥补，但这个的看法不符合法人合伙人所得确认的相关规定。
企业所得税申报表“合伙企业法人合伙人应分得的应纳税所得额”项目的“税收金额”按纳税人按照“先分后税”原则和159 号文第四条规定计算的从合伙企业分得的法人合伙人应纳税所得额填报。创业投资企业的法人合伙人按投资额70% 抵减应纳税所得申报表中的“本期应纳税所得额”填写有限合伙制创业投资企业本期按规定计算并亏损弥补后的应纳税所得额。
法人合伙人从合伙企业分配的应纳税所得额只有一个“所得”，不区分“经营所得”和“利息、股息、红利所得”，并且可以相互抵减和弥补亏损。法人合伙人计算合伙企业应纳税所得额分配时，合伙企业以准实体纳税模式，以每一纳税年度的收入总额（包括利息股息红利、特许权使用费收入在内的以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入），减除成本、费用、税金、损失、其他支出以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
法人合伙人从合伙企业计算分配“应纳税所得额”，与个人合伙人计算分配“经营所得”和“利息、股息、红利所得”存在区别，与单一投资基金核算下个人合伙人分配“股权转让所得”和“利息、股息、红利所得”也存在区别。
合伙企业需要按91 号文及65 号文等基本的扣除和限额扣除规定进项纳税调整，对法人合伙人和个人合伙人按不同的所得计算方式，分别计算分配应纳税所得额，并提供分配表。
现行企业所得税法、个人所得税法以及相关实施条例等规定以及实际执行中，财产转让收入应包括合伙企业份额转让，但取得的股息红利所得均不包括从合伙企业实际分配或按“先分后税”原则分配的所得、利润或应纳税所得额。
单层合伙企业规定中，均未明确合伙企业持有合伙企业份额等多层嵌套如何纳税。通常是直接套用159 号文规定默认应“先分后税”上传给上层合伙企业再“先分后税”给最终个人合伙人和法人合伙人。
但159 号文适用于单层合伙企业，仅限于合伙人为缴纳个人所得税和企业所得税的纳税人合伙人，并没有规定多层嵌套情况的“应纳税所得额”如何上传以及上传后如何纳税。91 号文及65 号文等规定中的经营所得计算，没有取得下层合伙企业“经营所得”或“利息、股息、红利所得”如何与上层合伙企业自身的“经营所得”合并抵减或上传的规定。
本文认为应参考企业所得税“合伙企业法人合伙人应分得的应纳税所得额”，合伙企业计算本层“经营所得”或“应纳税所得额”时，从持有的下层所有合伙企业按比例应分得的“应纳税所得额”汇总计入“合伙企业合伙人应分得的应纳税所得额”中，不区分下层或底层合伙企业原本是“经营所得”或“利息、股息、红利所得”，均并入本层个人合伙人的“经营所得”或法人合伙人（或合伙企业作为合伙人）的“应纳税所得额”中。
下层或底层合伙企业对上层合伙企业计算分配“应纳税所得额”时，与法人合伙人一样，不区分“经营所得”或“利息、股息、红利所得”，相互抵减和弥补亏损。
单一投资基金核算模式只适用于单层合伙企业对个人合伙人进行分配，法人合伙人或者多层合伙企业适用合伙企业全部所得按比例分配“应纳税所得额”。
例如，合伙企业B 投资公司D，2023 年支付管理人管理费600 万元，取得公司D 实际分配股息红利2000 万元，当年分别对合伙人分配利润400 万元、160 万元、240 万元，其余留存尚未分配。2023 年初未弥补亏损400 万元。
合伙企业A 投资公司C，2023 年支付管理人管理费200 万元，取得公司C 实际分配股息100 万元，取得合伙企业B 实际分配利润400 万元，当年未对合伙人实际分配利润。2023 年初未弥补亏损100 万元。
合伙企业B 的个人合伙人应确认400 万元（2000万×20%）股息红利所得，合伙企业层面确认经营亏损600 万元留待弥补，累计未弥补亏损-1000 万元；法人合伙人应确认分配“应纳税所得额”=（2000万-600 万-400 万）×30%=300（万元）；（合伙人）合伙企业A 应确认分配“应纳税所得额”=（2000万-600 万-400 万）×50%=500（万元）。
合伙企业A 的个人合伙人应确认股息红利所得=100 万×40%=40（万元），应确认经营所得=（500万-200 万-100 万）×40%=80（万元）；法人合伙人应确认分配“应纳税所得额”=（500 万+100 万-200万-100 万）×30%=90（万元）。
单层合伙企业下，取得的股息红利由个人合伙人按股息红利缴纳个人所得税，适用20% 税率。多层合伙企业下，底层合伙企业取得股息红利将层层合并经营所得上传由最上层个人合伙人纳税，适用税率可能高于20%，但可以扣除各层经营成本费用和弥补亏损。
目前存在底层合伙企业取得股息红利上传至最终个人合伙人应适用经营所得还是股息红利所得的争议，也存在利用税收洼地、核定征收和多层嵌套模式而被要求按股息红利穿透至最终个人合伙人补税的情况。本文认为从底层到最终合伙人的企业架构未必一直清晰直观，下层合伙企业取得股息红利并入上层合伙企业经营所得计算纳税虽有可能重复纳税，但更为现实和计算清晰，考虑各层合伙企业的扣除和弥补亏损等，税负未必增加。
合伙企业“先分后税”特性，如果不将“应纳税所得额”分配纳税，将导致合伙企业具有明显的避税特征，因此多层合伙企业下仍应上传分配所得。
现有的征管下，下层或底层合伙企业的“经营所得”或“利息、股息、红利所得”，或者“应纳税所得额”分配、上传不规范，法人合伙人通常只按下层合伙企业实际利润分配确认所得，或者按合伙企业账面利润确认分配所得，通常不会涵盖下层及底层合伙企业应分配的“应纳税所得额”，如上述案例中的最上层法人合伙人，因为当年未获得合伙企业A 的利润分配，可能不填报“合伙企业法人合伙人应分得的应纳税所得额”，或则按合伙企业A 提供的当年利润数据（包括取得合伙企业B 实际分配利润400 万元）填报，较少会有按包含合伙企业A 下层和底层合伙企业逐层分配应纳税所得额数据进行填报的。
未来，通过电子税务局（类似总分机构的预缴和汇算）数据的填报和传递，“应纳税所得额”数据的传递应更加准确。
合伙企业在实际分配利润时通常会发送分配报告等通知，也可能会按合伙人要求提供财务报表，但合伙人据此自行计算分配应纳税所得额后纳税，存在少计税额风险。实际分配报告不是应纳税所得额分配额，另外先回本后分利模式，部分认为尚未分配收益无须纳税。按合伙企业账面利润分配纳税，账面利润中通常不会包含下层及底层合伙企业应纳税所得额分配金额，可能包括下层合伙企业实际分配利润金额。
虽然合伙企业以合伙人为纳税人，但计算和分配应纳税所得的职责是在合伙企业和执行事务合伙人，合伙人未必能控制或取得相关数据，尤其是在合伙企业对外投资或嵌套多层合伙企业的情况下。相关的内部责任应划分开，但在征管方面，仍是合伙人承担纳税人的所有责任。
建议由合伙企业（基金）对当年度取得的所得进行汇算清缴计算应纳税所得额，并制作汇算表，编制应纳税所得额分配表和通知单，明确当年合伙企业整体应纳税所得额及个人合伙人、法人及其他类型合伙人分配比例和应分得的应纳税所得额，合伙企业应盖章确认，各合伙人据此纳税。
该表只是基本的要素，可根据需要增设实缴比例、投资时间等栏次。如需要应同时提供本层合伙企业的应纳税所得额（法人及其他合伙人）汇算清缴计算表、经营所得（个人合伙人）汇算清缴计算表。应纳税所得额分配比例根据159 号文规定确定。
（一）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
（二）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
（四）无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
另外，涉及单一基金核算的，需要分别计算个人合伙人股息红利所得和股权转让所得，还需分开计算企业合伙人（或合伙企业作为合伙人）的应纳税所得额。
工作单位：云南百滇税务师事务所
本文转载自《注册税务师》2025年第5期（总第268期），中国注册税务师协会主办、国家税务总局主管。作者：万伟华。
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